事实上，造成王金平败选的真正原因是国民党内的反李登辉情结。王、李的好交情导致党内“王金平当选主席，李登辉将班师回朝”的传言不断，并成为王落败的主因。王金平虽然出身高雄，全台选区却仅有家乡路竹的得票领先马英九。

投票当天，立委侯彩凤为了支持王金平，特别雇了两辆巴士到眷村门口，准备接眷村里的年长党员去投票。

眷村里的党员伯伯、伯母们一听到是支持王金平的巴士，拒绝上车，宁可冒着酷暑，顶着大太阳，步行到投票所投票。

竞选党主席的结果不仅让马英九与王金平结怨，更加深了他与连战之间的心结。当年因白晓燕一案，马抛出“不知为何而战”，随后便辞去了行政院政务委员一职，重创连战政治声望，两人就此产生心结。

二○一二年，马英九竞选总统连任，由于政绩令人失望，民进党候选人蔡英文不但声势直逼马英九，还获得李登辉的站台加持；宋楚瑜则挟省长时期累积的人脉、经验与声望，在媒体助威下行情看涨。开票结果，马英九以六百八十万票，得票率五一．六％比四五．六三％的蔡英文胜出。

宋楚瑜则是雷声大雨点小，仅获得三十余万票，惨败收场，当晚宣布从此退出政坛。

二○一四年，马英九为了王金平与柯建铭的司法关说案，公开与王金平翻脸，抢先开除王金平党籍，目的是要使王失去不分区立委资格与立法院院长的身分。

未料司法判决与民意并非如此，大多数国民党籍立法委员甚至全面倒向王金平，最终，马英九未能拔掉王金平的党籍与立法院院长，两人从此几乎不相往来。

事件过后，表面上看马英九似乎一败涂地，其实是两败俱伤，马英九成了令不出总统府的跛脚总统，王金平也没有讨到便宜，马政府的官员对王保持一定距离，使王金平成了名副其实的光杆院长。

马、王交恶的结果是，后来在处理因服贸协议而爆发的太阳花事件时，由于相互冷眼坐看对方笑话，导致整起事件一发不可收拾，也让国民党二○一四年底的六都与县市长选举惨败，六都只剩下新北市与其余六个县市，马英九被迫辞去党主席，他推荐的朱立伦则参选并接替党主席。

二○一六年总统大选与立法委员改选时，摆出高姿态的王金平在参选总统或立法院院长之间态度摇摆，最后虽然绑架了国民党，使党主席朱立伦再度妥协，破例三度将他列名为不分区立委第一名。

选举结果却证明，王金平根本没有拉抬国民党立委选情的实力，国民党在立法院仅剩三十五席立委，不仅失去了多数优势，甚至无法取得提释宪案的最低门槛席次。

王金平当然也就失去了连任立法院院长的机会，只凭空捡到一席不分区立委，成为完完全全的光杆委员。