据农委会资料，全台水利会目前拥有现金756亿元（新台币，下同，约34亿新元），事业用地2万3000多公顷，非事业用地1500公顷土地，会员多达150万人。改制后，农委会将成立特种基金统一调度资产，并确保专款专用，“没有充公”“没有纳为国有”。

面对民进党政府的强势作为，国民党自然无法坐视不理。据媒体报道，南投农家子弟出身的国民党主席吴敦义日前下“军令状”，召集2000多名各地水利会会员和农民，以及党员立委在昨天前往立院抗议。他昨午也亲自到场督军，力抗执政党闯关。

吴敦义受访时指出，民进党改制水利会，“一方面是为了选举来掌控水利会，一方面是巧取豪夺”。然而，就在国民党全力捍卫立场时，国民党籍的嘉南水利会会长杨明风昨早却“阵前倒戈”，出席绿营记者会力挺本次修法。

对于在野党的批评，民进党立院党团总召柯建铭指出，国民党在1990年代就曾以金钱暴力介入选举、缺乏专业以及无法满足农民需求等理由，推动水利会改制并停办选举，却因“不敢承担”和政治算计而无疾而终。

为了强调改制的正当性，绿营前天出动前总统陈水扁时期的农委会主委李金龙，由他率领部分水利会会长召开记者会，并邀上百名学者连署公开支持水利会改制，强调水资源是全民财产，由政府运用分配效率才会更高。

随着台湾发展转型，水利会的收入来源出现变化，城乡的水利会资源落差明显。根据记录，属于都市型水利会的台北市七星和瑠公水利会前年的非农业（利息及出售或出租土地）收入占比高达九成。以瑠公水利会为例，就有多笔位在台北市忠孝东路四段的土地，包括每年租金超过1亿元的忠孝东路SOGO百货公司土地，收入远比偏乡的水利会高。

此外，农民也不时抱怨一些水利会将水源出售给工业，导致农业用水不足。台湾大学生物产业传播暨发展学系副教授陈玉华说，政府虽然一直针对农业系统进行组织改造，但是政府效能仍令很多人担心，因此必须要和农民清楚沟通，农委会也得让水利会组织层级简化，才能让资源有效运用，真正解决问题。