台湾方面高度关注此案。总统府发言人黄重谚表示，府方很关切李明哲的近况，包括他的健康及各项应有的权益，但不会评论其被起诉的罪名。

他说，从李明哲遭逮捕以来，总统蔡英文一直很关心李明哲，随时提醒相关部会协助李明哲的家人，政府一贯的立场是维护台湾尊严前提下，尽一切力量让李明哲可以早日返台。

行政院大陆委员会发表声明说，李明哲遭陆方限制人身自由177天，李虽然当庭认罪，但未尽符合法律正当程序保障的过程，非外界所能完全认同或接受。

陆委会认为，李明哲关心大陆的公民社会与民主发展，透过网路社群及其他方式与大陆朋友交流，宣扬分享民主、自由、政党政治之经验及理念，应给予应有的尊重。该会同时肯定大陆此次同意李的家属及有关人员顺利赴陆，相信陆方的这些作为，对两岸互动有正面的意义。

执政的民进党则指李明哲致力与大陆民众分享民主、自由、人权等普世价值，不应被陆方以国安之名无理对待。该党并要求陆方应严肃看待李明哲案对两岸关係的冲击，审慎妥善处理，勿让两岸局势更陷严峻。