东北工程的研究引起韩国学界、政府和民间的强烈争议。朝鲜半岛学者否认高句丽历史为中国古代历史一部分的主张。

为避免事态的升级影响到两国关系，中国韩国两国政府就高句丽历史问题进行了紧急磋商，并达成了应避免历史研究政治化的谅解。中国学者表示要尊重朝鲜半岛的历史文化传统与民族感情，承认朝鲜半岛学界在高句丽历史研究上同中国学界有不同立场与观点的事实。

领土，文化

2008年中国曾经为地跨中朝边界的长白山申请联合国的世界文化遗产地，当时有报道说，北京想以此地申请举办2018年冬季奥运会，因此引起了朝鲜不满。

被朝鲜方面称为白头山的长白山是朝鲜历史上高句丽起源之地，也被现代朝鲜人当作圣地，因为朝鲜官方宣称朝鲜前领导人金日成就出生在那里。

中国和朝鲜在1964年签署了边界协议，中国同意长白山以南的部分地区和鸭绿江的多个岛屿都归属朝鲜。但是领土的争议并没有因此终止，一些韩国学者认为，朝鲜在此条约中将部分领土割让给中国。

中国和朝鲜半岛的历史渊源有时候也成了中韩民间在传统文化归属上发生误会和争执的原因。2008年中国民间有人指责韩国将"江陵端午节"申遗，实际上是对中国传统文化的"剽窃"。

但有研究认为，在漫长的历史上韩国人的端午祭融入了很多韩国的文化元素，有别于中国人的端午节吃粽子、划龙舟等内容。

韩国教科书承认活字印刷术是中国发明，但认为韩国改造了活字印刷术，发展金属活字印刷术。这个话题一度在中国民间被误认为韩国人同中国人争夺活字印刷术发明的归属权。

中国同朝鲜半岛敏感历史及其争议由于特朗普最近的发言再次成为受关注话题。特朗普谈话表现的对朝鲜历史的理解似乎更接近中国角度，忽略了对朝鲜历史的不同解释，因此在韩国引发舆论波澜。

因此有媒体评论说，朝鲜半岛有独立的历史，美国总统特朗普的历史知识应该来自朝鲜问题专家或美国国务院，但是不应该来自外国领导人，特别是某个利益攸关的外国领导人。