监察体制改革以后，刑讯逼供、非法搜查等利用职权进行的犯罪由谁来侦查，一直存在争议。10月22日，《刑事诉讼法》修正草案提请十三届全国人大常委会第六次会议三审。草案三审稿延续一审稿、二审稿的思路，保留了检察院对刑讯逼供等犯罪的侦查权，但犯罪主体限定为司法工作人员。

接受采访的学者认为，此举符合国情也符合学界的期待。也有全国人大常委会委员、全国人大代表呼吁，监察机关工作人员实施刑讯逼供等犯罪，也应由检察院侦查。

国家监察体制改革被认为是近年来一项重大的政治体制改革。改革以后，过去由检察机关行使的查处贪污贿赂、失职渎职等职能已整合至各级监察委员会。2018年3月20日通过的《监察法》规定，监察委员会对涉嫌贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守、权力寻租、利益输送、徇私舞弊以及浪费国家资财等职务违法和职务犯罪进行调查。为了与《监察法》衔接，《刑事诉讼法》在2018年上半年启动修改，修正草案于4月底首次提请审议。

草案一审稿删去了检察院对贪污贿赂等犯罪行使侦查权的规定，同时明确：“发现司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由检察院立案侦查。”财新记者注意到，草案二审稿及三审稿均维持了这一写法，未作改动。

清华大学法学院教授张建伟曾向财新记者表示，这一修改符合学界对国家权力配置的合理期待。“我认为监察委员会查办贪污贿赂案件是它的管辖范围，而渎职侵权案件最好继续由检察机关进行立案侦查。从草案来看，是保留了一部分对于司法人员职务犯罪的侦查权。”

北京师范大学国际反腐败教育与研究中心秘书长彭新林认为，监察委调查的对象是个人，而检察院进行法律监督的对象是机关单位，二者性质不同。而且检察机关对司法活动情况较为熟悉，因此由检察院对刑讯逼供等进行立案侦查是更符合国情的制度安排。

10月24日下午的分组审议中，有与会人员建议对这一条款再作修改。全国人大常委会委员、致公党中央副主席吕彩霞表示，监察机关调查人员是否属于司法人员，是有争议的。为了明确检察院立案侦查的范围，建议该条款的犯罪主体增加规定“调查人员”，另外把“可以”改为“应当”，避免导致司法实践中产生职责不清的问题。

列席会议的全国人大代表、安徽省淮北市人民医院医生任千里对此表示赞同。他说，很多人大代表提出建议，“司法工作人员”后面加上“监察工作人员”。“我也是这种意见，我也认为应该对监察工作人员的权力进行一些监督，这样才能保证其他工作人员的合法权利。”

《刑事诉讼法》此番修改新增缺席审判程序，也受到密切关注。修正草案一审稿规定，对外逃贪官可以进行缺席审判，引发学界及舆论对人权保障的担忧。8月27日，草案第二次提交审议，将缺席审判适用范围由贪污贿赂犯罪案件扩大到经最高检察院核准的严重危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪案件。

四川大学法学院教授龙宗智此前接受财新记者采访时，对于建立缺席审判制度表达了担忧。他认为，缺席审判制度更注重效率，有时会与当事人的权益保障发生冲突，在制度的具体设置上容易出现不能限制执法权力的情况。（详见财新网：“贪官缺席审判拟入法 权益保障引争议”）

《刑事诉讼法》拟在第五编增设一章，用七个条文对缺席审判程序作出规定。具体而言，对于贪污贿赂犯罪案件，以及需要及时进行审判，经最高检察院犯核准的严重危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪案件，罪嫌疑人、被告人潜逃境外，监察机关、公安机关移送起诉，检察院认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，可以向法院提起公诉。

法院进行审查后，对于起诉书中有明确的指控犯罪事实，符合缺席审判程序适用条件的，应当决定开庭审判。