改革方案也打破权力和利益格局，例如曾有“小国务院”之称的国家发改委依然保留，但权力大幅度缩水。

发改委的一些职责打散到新组建的国务院所属机构，例如发改委原来负责的应对气候变化和减排职责归生态环境部，农业投资项目改由重新组建的农业农村部负责，重大项目稽查工作则划入审计署。

此轮国务院机构改革并未如之前所传，提到国务院港澳事务办公室、台湾事务办公室及侨务办公室的合并。

未提港澳办与国台办合并

另一方面，有香港媒体指出，这次国务院机构改革未提及港澳办与国台办合并，但属于中共序列的中央对台工作领导小组和港澳工作协调小组将合并，组成“港澳台工作协调小组”，由中共总书记中领导人亲自领导，这反映了中央对香港问题的重视程度提升。