是中央巡视组还是地方巡视组，在巡视过程中都常遭遇被巡视地方、单位或个人的对抗与干扰，主要方式包括恐吓、威胁、通风报信等。

广东省委巡视组在潮州被黑社会威胁，属于间接方式，至于被调查对象直接威胁调查人员的现象也并非个案。

中共中央机关报《人民日报》去年便报道指出，福建省莆田市纪委第三纪检监察室副主任陈峻青曾被调查对象直接威胁说，“别把事办绝了，你家的住址，我们都知道。”

有的地方政府公然阻挠巡视组工作。《新京报》报道称，2014年4月，中央第八巡视组进驻河南以来，在其驻地郑州市黄河迎宾馆门口围满了来自河南各市、县、乡镇的基层公务员，他们在宾馆门前值班蹲守，以拦截本辖区内试图进去向巡视组反映情况的人。

2015年11月，中纪委首次表示巡视组被干扰，并对干扰巡视工作的中国出口信用保险公司党委办公室主任胡正明党内严重警告，同时调离职位，但产生的震慑作用有限，在此之后，各地干扰巡视工作的情况仍不少见。