近日总统蔡英文和赖清德的民调都创新低，外界多认为除了外在的两岸关系和外交挫折外，内部“拔管”的政治操作和吴茂昆的争议也是主因之一，故昨天传出吴茂昆是“被请辞”，否则对年底地方选举不利。

赖清德昨天则在立法院为吴解释说，吴在2005年国科会主委任内向行政院请假，出席在大陆的两场国际会议，参加完第一场在苏州举行的国际学术会议之后，吴应恩师朱经武教授的邀请，利用周末前往浙江参加香港科技大学及浙江大学举办的国际学术高峰会，该高峰会除朱之外，还有国际诺贝尔奖得主及各国科技政策负责人。

赖清德指吴茂昆一直到最近才知道，这两场国际研讨会，行政院只准第一场，故吴认为自己身为教长，应以同样标准，甚至更高的道德标准来检验自己，希望辞职止住纷争，也让教育部的工作能顺利推展。

吴茂昆也在声明中强调，2005年这两场国际会议的行程事先都已向行政院提出申请，在行政院回函给国科会的公文中，对于香港科大在杭州举行的国际会议并未准驳，由于该场会议在星期六、日举行，且出席者都是各国科技政策的负责人，考虑出席会议可大幅增加台湾在科技领域发展的国际曝光度，他才决定转往杭州与会。

但联合新闻网据《浙江大学年鉴2006》记载，指2005年高新技术高峰论坛是该年10月20日至22日举办，这三天是周四至周六，不是吴所称的星期六、日举行，吴茂昆可能记错了，也可能是故意规避上班日未经报准就参加大陆会议；且该报道提及“七名外宾、231名中宾”与会，吴茂昆被列为231名“中宾”之一，何来增加台湾能见度？

国民党立委李彦秀等人批评，蔡英文政府为“拔管”，把教长变成免洗筷，整个风波延宕至今，牺牲的是高等教育学术竞争力，希望新教长上任后，尽速让管中闵上任。不过，柯志恩认为，蔡政府若仍坚持“拔管”，很难找到下一个教长。

全台31个教育团体肯定赖清德体察民情、负责善后。他们指吴茂昆失德、失格、失职、失言、失态，完全不适任教长，已耽误了全台教育40天，希望蔡政府能找一位“有德、有信、有格、有责、有能”的教长。

知名作家龙应台在面簿上指蔡政府用人不当，“这样的折损，最可恶的是任命他的民进党政府”，期盼蔡英文在未来两年为台湾的教育保留一块净土。