当然，蒋经国在任期之内，还是白色恐怖的延续，反对派的“林义雄灭门案”和“陈文成教授台大遇害案”至今仍然是悬案，由于警备总部在九十年代解散前都已经将有关档案销毁，所以命案详情都付之阙如，但从时序来说，蒋经国是最高负责人，不能对此不负起责任。

至于一九八四年喧腾一时的作家江南遇刺案，在台湾最新的一本有关蒋经国的书《破局》，作者吴建国指出，这是军情局与国安局的内斗，刺杀江南之前，蒋经国并不知情，而事后被追杀的陈啟礼等人，只有放出风声说是蒋经国的二儿子蒋孝武幕后指使，放出烟雾弹。最后蒋经国公开宣布，“蒋家不能也不会再担任中华民国总统”，结束了蒋家对台湾长达四十年的统治。但有关的真相细节，还有待歷史更多的资料与研究来验证。

蒋经国一生最大的败笔，就是选错了接班人，将李登辉列为副总统，让这位在蒋经国面前坐椅子只坐三分之一、但满肚子密圈的副手，成为接任总统，而他最后却成为“国民党的终结者”，将整个国民政府从内部瓦解。他拉一派打一派，将国民党的蒋经国重臣如宋楚瑜、郝柏村、李焕等人玩弄于股掌之上，最后大权在握，改变了台湾的发展方向。

这也使得台湾逐渐滑入台独的轨迹。李登辉上任之初，宣扬“新中原主义”，还设有“国家统一纲领”。但他最后图穷匕现，提出中国“七块论”，说中国应分割为七块，而台湾也应与神州大地分开。这当然背叛了当年提拔他的蒋经国，也背叛了中华民国。

这也为今天台湾的政治埋下了祸根。而李登辉与陈水扁时代所开始的教育课程改革，“去中国化”，将中国人的认同从基础教育上消除，也使得今天新一代失去了对中国与中华文化的认同。台湾走上民主化的道路，但也像西方的比喻所说的，在倒掉威权统治的脏水时，把中华文化的婴儿也倒掉。这也造成台湾今天的裂痕，社会上被统独的意识形态所撕裂，民主未能凝聚民众的共识，反而激发内耗，做成今天台湾经济的低迷不振，在四小龙中成为表现最差的一员。

回望蒋经国的时代，这位独裁者之子，却是民主的催生婆，但台湾所诞生的民主一代，却成为贪腐的世代，也成为台湾悲剧的根源。蒋经国是台湾的悲剧人物。他开啟了台湾民主化的时代，但也让台湾的“民主教父”李登辉埋下台独的祸根，使台湾的道路越走越窄，最终面对中华民国生死边缘的危机。