例如，从促进转型正义条例、公投法到劳基法，国民党中央与党团立委的分歧不时浮上台面。有媒体指出，党中央认为促转是进一步清算，而公投法则可能引发统独公投等政治操作，站在对中国大陆释出善意的立场，盼党团在立院一致反对，但这与不习惯全盘接受党意，且对民意较为敏感的青壮立委的立场有所差异，引发吴敦义出现领导危机的联想。

诚然，曾任三届立委的吴敦义很清楚“党团自主”的重要性，他也表明“党主席不可能直接向立委下指令”，然而面对强势的民进党，国民党中央和党团没有“各走各路”的空间。精明世故的吴敦义理应擅长居中协调，但从他去年8月正式接任党魁以来，外界没能从国民党的表现中见识到吴敦义的能力。在媒体观察中，吴敦义反而异常低调如神隐一般。

2018年又是选举年，虽然距离县市长选举还有11个月，但党内初选的脚步已慢慢逼近，一场腥风血雨恐又再现。新北市是国民党目前唯一主政的六都县市，全力团结守土的重要性不在话下。可是有意角逐市长的前台北县长周锡玮已开始向党中央开炮，批评党采取“全民调”选出人选是“笑话”，更不时攻击现任新北市长朱立伦的属意接班人侯友宜，令吴敦义头痛不已。再加上台北等重要县市的争夺战，还没来得及团结的国民党恐怕又面临分裂。

有评论指出，吴敦义的最佳战术是“等待”。步步为营的他甚少失手，包括前年国民党惨败，朱立伦辞去党主席后，吴敦义就采取“等待”，让洪秀柱先赢，待洪的人气和光环消退后再出手。或许此时的吴敦义，也是在等待着什么。