目前，整起案件引起的最大争议，在于检调单位的搜索程序。综合台湾媒体报道，王炳忠昨早6时许在面簿直播，转播警调人员意图入内的搜索画面。警调人员手持搜索票在住处外要求开门，称王炳忠涉嫌违反《国安法》，但王坚持要等到律师前来才愿意开门。王炳忠也怒斥搜索行动为白色恐怖，双方僵持近40分钟。警调最终请来锁匠开门，强行入屋。

在野的国民党发声明批评，若检调单位没有足够证据又未审慎查核，就进行如此强烈的搜索，“不仅没有符合比例原则，更会让外界产生绿色威权治理下的白色恐怖疑虑”。国民党呼吁检调单位尽速说明案情。

日前才获得新党支持连任的台北市长柯文哲昨天也开腔表态。他认为，要让民众明白“王炳忠案”跟“李明哲案”有所区分，政府就应该在一两天内公布来龙去脉，调查局更必须依法出面说明。李明哲是民进党前党工、无政府组织工作者。他因颠覆大陆国家政权罪，上月被湖南岳阳中级人民法院判处有期徒刑五年，剥夺政治权利两年。

昨天恰巧正要出发再前往大陆的郁慕明昨天表示，王炳忠只是“小朋友”，不认为他有危害或颠覆国家安全之虞。他也质疑民进党想搞“白色恐怖”，透过搜索、翻查王炳忠电脑，借机了解新党近期的活动。

高举“转型正义”大旗上台的蔡英文政府，近来因推动具争议性的法案，引发质疑。例如，行政院推动的《资通安全管理法》赋予政府在“必要时”派人进入非公务机关检查的权力，被批扩权。之前更曾力推有侵害人权之虞的《保防工作法》，允许保防人员进驻单位、调阅、临检、甚至查扣相关人与物，被外界抨击为白色恐怖复辟。

在师范大学政治学研究所教授范世平看来，他不认为这是民进党在搞白色恐怖，“因为王的言论太夸张，统派团体近年太嚣张跋扈，中共对台更是文攻武吓，然而当许多人拍手称快时，检调单位更应如履薄冰”。他在面簿贴文中说：“国安案件最困难的就是事实认定，除非有一枪毙命的铁证，否则若仓促出手，势必遭致非议与批评，蔡政府不可不慎。”

大陆国台办高度关注

此案也引起大陆国台办高度关注。国台办发言人安峰山昨天应询说，大陆高度赞赏坚持一个中国原则的新党，而一段时间以来，台湾当局对台独分裂分子袒护和纵容，并“采取各种手段对主张两岸和平统一的力量和人士肆意打压和迫害，我们对此予以严正谴责，并密切关注有关事态发展”。