台湾教授协会等民间团体星期三（9月14日）称，新北市长侯友宜必须为当年采取强硬手段导致《自由时代周刊》创办人郑南榕自焚之事，向郑南榕家属和台湾社会真心道歉。侯友宜早上对此事称，“我尊重所有人的不同的言论，我好好的努力为人民做事”。

综合台湾《联合报》《自由时报》等报道，台湾教授协会、郑南榕基金会、陈文成基金会、民进党立委罗致政星期三在立法院举行记者会，谴责侯友宜及其选举办公室发言人针对郑南榕事件的回应方式。

台湾教授协会副会长陈俐甫称，侯友宜这几天的反应及回应让人对于郑南榕的牺牲感到不舍及难过，此事涉及诚信问题，也与转型正义有关，尤其侯友宜现在已经不是一般刑警，是接受选票托付的公共人物，作为民主社会、基于公益公共体，“大家不能把权力给邪恶的人”。

罗致政则称，历史可以原谅，但不能遗忘，侯友宜应该要体会过去所做是错误的，并且诚恳面对转型正义的历史责任，诚心道歉，不能够继续合理化过去所做所为。况且侯友宜现在已经不是平庸的人，是新北市长，应勇敢面对事实、认错。

郑南榕基金会执行长刘璐娜说，台湾是民主社会，选举是检验候选人的重要时刻，侯友宜并不可怕，可怕的是他的言行所代表的价值观，还有他身边年轻人对于历史素养的不足，这会影响台湾未来民主的发展，台湾现在享有言论自由，而台湾人在当下的选择，都将决定台湾的价值与样貌。

主张“台独”的郑南榕1989年因刊登涉及“台独”的新宪法草案被指控叛乱罪，郑南榕无法接受因为刊登文章而被指控逮捕，而非以过去的毁谤或者其他犯罪问题逮捕，于是在杂志社自囚71天后，当年4月7日自焚身亡。

郑南榕基金会指侯友宜当年逮捕郑南榕是避重就轻、回避责任说法。对此，侯友宜星期二在市议会被问到现在若有类似事件会如何处理时，称抓郑南榕是依法行事、再来一次还是要执行。