台湾媒体引述不具名的党政高层消息称，台湾国安会秘书长吴钊燮可能在农历新年前后异动，他空出的职位将由外交部长林佳龙接任。对此，台湾府方面严正否认，称吴钊燮无可取代。

定传媒星期二（1月14日）报道，国安人事异动一旦成局，显示台湾赖清德将要在特朗普于下星期一（1月20日）接任美国总统之际，迅速构建起“信赖国安体系”。

报道提到，吴钊燮、国防部长顾立雄与国安局长蔡明彦，原为前蔡英文与拜登政府协调后所定案的“小英国安团队”，目的是在蔡赖政权交接期间，稳定台美关系。但随着特朗普即将回任，美国对台政策可能产生变化，近期传出国安团队提前调整的风向。

报道也说，林佳龙在总统大选期间力挺赖清德，原有意接任行政院长，几度转折后，接下并非首选的外交部长一职，负责打通对美管道及熟悉外交与国安相关事务。

如果林佳龙接任国安会秘书长，接掌外交部的继任人选，据报将会尊重副总统萧美琴的建议。

根据《自由时报》，府方人士严正否认上述报道，并称赖清德跟国安团队合作无间，不仅沟通有默契，更是互动紧密的互信团队；赖清德与吴钊燮互动紧密、深具互信，从赖清德担任副总统期间出席的军谈会议，到赖清德就任总统后几次的军演背后，都有吴钊燮的运筹帷幄。府方人士还强调，赖清德就任至今民调维持50%至55%，背后是团队稳健齐心。

这名府方人士也提及，赖清德去年底出访太平洋友邦时，就是由吴钊燮坐镇台湾“看家”，当时发生韩国戒严的突发事件，双方也立刻在半夜热线，足证两人互信默契，以及吴钊燮在国安会秘书长的无可取代及重要性。