台湾官方强调，从未对双城论坛参与者“查水表”（找麻烦），并指有相关人士破坏台湾政府致力营造两岸良性互动的努力。

台湾《联合报》星期天（12月15日）引述不具名蓝营人士的说法报道，因为今年陆委会有要求台北市政府举办双城论坛要低调，想要参加晚宴的人士也相对会低调一点，“因企业界对目前两岸氛围大家也都心理有数，也会担心接下来被查水表怎么办？”

陆委会星期一（16日）在官网说：“‘双城论坛’办理在即，我们希望台北市政府与中央政府配合，让论坛顺利举行。过去以来政府从未对参与论坛或出席午晚宴等各界人士所谓‘查水表’等，呼吁相关人士等不要恶意放话，破坏交流本身所须的外在和谐氛围，及政府致力营造两岸良性互动的努力。”

陆委会也指外界对台湾政府处理上海市台办主任、上海媒体团赴台参加双城论坛等，质疑政府限制两岸交流、封杀新闻自由的做法，属于不实批评，并强调持续推动两岸健康有序交流的政策不变。

陆委会称，台湾政府在当前两岸情势仍旧严峻，中国大陆持续对台文攻武吓及国际社会关切台海和平之际，仍释放最大善意，积极促成双城论坛顺利举办。“本次上海访团专案申请，是在整体情势通盘考量下，依照‘关联性、专业性与必要性’原则进行审查。”

陆委会续称：“国台办今年6月公布‘惩独22条’并设立举报专线等极不友善的行为，已严重影响两岸正常交流及我民众赴陆人身安全，爰我方对中共涉台系统重要官员来台均严格审查，政府审查标准一致；例如，‘双城论坛’与‘两湖论坛’都前后一致，若台办主任要求来台须与本会或海基会会面沟通，此前也有处理案例，但很遗憾本次上海市台办方面予以拒绝。”

陆委会也说：“近期以来政府未有核准任一中国大陆媒体团来台”。