台湾在野民众党主席柯文哲因涉及京华城弊案被羁押禁见，中国国务院台湾事务办公室批评台湾赖清德在岛内大肆制造“绿色恐怖”。台湾的大陆委员会回应称，“中华民国”是实行制衡分权的自由民主政体，并强调这与中国大陆公检法司一体为党服务的专制体制完全不同。

国台办星期三（9月11日）举行例行记者会，发言人陈斌华在回应有关柯文哲被羁押的问题时说，赖清德为牟取政治私利不断制造绿色恐怖，引发台湾社会强烈担忧，将持续关注相关事态发展。

陈斌华也批评，赖清德上台以来一再操纵司法行政手段，公器私用、党同伐异，在台湾大肆制造绿色恐怖。

据《联合报》星期四（9月12日）报道，陆委会对此回应称，“中华民国”是实行制衡分权的自由民主政体，人民的权利皆受正当法律程序保障，司法系统独立办案，非任何政党或行政部门可以干预控制，此与大陆公检法司一体为党服务的专制体制完全不同。

陆委会还说，大陆不要用自己狭隘的眼光来看待台湾，更不要试图见缝插针，并指如此只会自曝其短，让世人贻笑大方。

柯文哲9月5日被依图利罪羁押禁见后，台北地方检察署连日来借提讯问包括柯文哲等和京华城弊案相关人士，积极追查柯文哲是否有收贿的金流等证据。