台湾潜舰自造案连日来衍生“卖国贼”争议，国防部长邱国正星期二（10月3日）在立法院感慨“这原本是好事一桩，没想到会演变至此地步”。他肯定潜舰自造专案小组召集人黄曙光是很负责的人，也称被黄影射关说的在野国民党立委马文君是很认真正的立委，结果只能交由法律来界定。

黄曙光上周指有立委“一直在搞”潜舰，海军前顾问郭玺直接点名此人就是马文君，甚至指控马将机密文件泄漏给中国大陆。马文君要黄曙光出来面对，若她曾向黄要过利益或将资料交给大陆，她愿切腹自杀。

黄曙光未出面；郭玺星期二说词大反转，他表示黄曙光透过一位现役旧部联络他，称将潜舰自造资料交付大陆的军火商，与马文君无关。

台湾首艘自造潜舰“海鲲号”9月28日举办下水典礼，是台湾要发展不对称战力的重要装备。黄曙光却影射马文君“一直在搞”，并指有军火商因没标到案子，把资料直接交付大陆，让大陆去施压出售的国家。马文君和郭玺互告加重诽谤罪。

马文君指郭玺涉及1993年任职海军武器系统获得管理室执行长尹清枫上校的命案，不解海军为何聘郭玺这位军火掮客担任顾问？她说，郭玺的抹黑攻击，是为了在蔡英文明年卸任前，编列并通过潜舰后续造舰的特别预算，能获得大笔佣金。

邱国正星期二在立法院会答复国民党立委江启臣时说，先前黄曙光并没有跟他讨论过此事，“我也是（这次）听他讲才知道”。江启臣对邱国正未完全参与的处境表示理解，意有所指地说：“你离总统府有点远”。

江启臣表示，只要对国防有利，预算合理，他全力支持；但若有人泄密、“卖国”，知情不报，可依《行政诉讼法》第241条：“公务员因执行职务，知有犯罪嫌疑者，应为告发”处理，黄曙光若没有告发，视为渎职。

稍早前邱国正答复媒体时表示，潜舰自造本是好事一桩，没想到会演变成这样，黄曙光是很认真负责的同仁，且台湾和许多国家没有邦交，会碰上一些掣肘、困难，就是得去克服。

媒体进一步追问对马文君有无疑虑？邱国正立即挂保证“没有！”他认为，马文君是很认真正的立委，持续关注潜舰议题，国防部予以尊重，一切交由法律来做界定。

郭玺的说法在星期二说出现180度改变。他说，黄曙光指潜舰自造资料交付大陆之事与马文君无关，盼到此为止。

但郭玺仍点名马文君和前参谋总长李喜明、退役海军上校黄征辉、退役海军上校王志鹏四人是“卖台集团”。李喜明仅回以“池鱼之殃”四个字，不出面说明。

国民党台北市议员徐巧芯星期二召开记者会，公布一段自称是郭玺的男子飙骂韩国籍顾问及翻译的录音，质疑郭玺见潜舰自造有利可图，想找韩国顾问组公司，企图标下第二至第八艘自造潜舰，未料对方试图绕过自己另组公司，郭痛骂：“玩死你们！”

法务部长蔡清祥星期一（10月2日）表示，高等检察署已分案调查；最高检察署也将相关资料发交高检署与台北地检署，彻查是否涉及泄漏国防机密之外患罪和公务员泄密罪。