针对台湾民众党主席柯文哲关于钓鱼台主权的言论，国民党反驳称，钓鱼台列屿是台湾固有领土，拥有主权的事实不容置疑，不乐见台湾政治人物未能捍卫台湾主权立场、伤害民众权益。

综合台湾《联合报》和中时新闻网报道，民众党主席柯文哲星期二（6月6日）接受日媒NHK采访时说，台湾渔民不会想要钓鱼台这块土地，只想要可以去那里捕鱼。他也说，不要为了一直在为了主权问题，让台湾渔民不能捕鱼，这更严重了。

国民党副发言人吕謦炜星期四（8日）反驳称，只有捍卫主权才能守护渔权。台湾维护钓鱼台列屿主权的原则，一向是“主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发”。

吕謦炜说，领土主权不能退让，但天然资源可以分享，这也是前总统马英九提出东海和平倡议的要旨，当时签订了《台日渔业协议》。

关于主权问题，他回溯历史称，早于明朝永乐元年（1403年）的“顺风相送”就有对于钓鱼台列屿的记载，清朝同治十年（1871年）的“重纂福建通志”内的明列钓鱼屿为噶玛兰厅，就是今天的宜兰县管辖。

他也称，历史上台湾渔民也经常利用钓鱼台渔场捕鱼或避风，因此钓鱼台列屿既非日本领土，也非国际法的无主地，是台湾领土。

吕謦炜指责民进党政府过去数年未能守护“中华民国”对钓鱼台的主权，让台湾渔民在钓鱼台列屿捕鱼时受日本干扰驱赶。

新北市长侯友宜8日在脸书发文称，“钓鱼台就是‘中华民国’固有领土，没有任何退让空间。”他认为，柯文哲的说法无疑是本末倒置，“好像在央求日本把钓鱼台海域借给我们捕鱼”。

侯友宜也说，“我们能够争取到渔权，就证明我们对于钓鱼台列屿主权之立场，连东京都不敢漠视。”