国际非政府组织在一份报告中指香港的学术和言论自由在《香港国安法》实施后严重倒退，香港保安局局长邓炳强对此予以谴责，并称类似报告都是刻意抹黑，杜撰出来的。

根据港府新闻公报，邓炳强星期四（9月26日）出席活动后受访时说：“对于这些所谓没有学术自由的报告，我想再次作出谴责。首先，这些报告都是刻意抹黑，杜撰出来，都是用惯常技俩，用大部分都是没名没姓的人作出这些指控。”

他说，香港享有高度学术自由，是唯一一个拥有五所大学位列世界百强大学的城市，学术水平和学术自由一直都是世界公认的。无论是《基本法》或是《香港国安法》，甚至是《维护国家安全条例》，都对香港的学术自由有充分保障。

人权观察和香港民主委员会星期二（24日）发布长达80页的报告《我们再也不能秉笔直书：港区国安法下的香港学术自由》，称香港八所公立大学的学术、言论、结社与和平集会自由，在2020年实施《香港国安法》后严重倒退。

报告引述不具名师生指，在讨论香港和中国社会政治议题时，他们都会自我审查，以避免麻烦。有少数学者称曾直接遭到审查，还有一名学者称曾因一篇论文被学校向警方举报。

港府星期三（25日）对上述报告予以予以强烈谴责和反对，并称报告内容全是恶意抹黑、以偏概全。港府发言人还说∶“我们留意到所谓的报告引用的大多数受访者都使用化名，这是反华势力惯常使用的技俩，令人难以确定受访者是否真有其人，可见所谓的报告的真实性及可信性存疑。”