针对日本通报驱赶了在日本专属经济区进行调查活动的台湾调查船一事，台湾海巡署回应称，事发时“吉安舰”巡防舰在旁戒护，并广播告知该海域为台湾专属经济海域，请日方勿扰。

综合《自由时报》和中央社报道，台湾海洋委员会海巡署星期四（7月13日）晚间发布新闻稿称，被日本海上保安厅通报遭驱赶的海洋调查研究船“新海研1号”，此次航行研究是经海委会跨部会会议审查通过，自7月6日到18日赴东北海域（含台日重迭海域）作业。

海巡署介绍，在“新海研1号”船出港后，便持续保持联系，且先后派遣“新竹舰”、“吉安舰”及“新北舰”执行戒护任务，全程掌握其动态。

海巡署称，“吉安舰”星期三（7月12日）发现日本公务船在“新海研1号”附近海域后，立即趋前部署于两船之间，并向日船广播称事发海域为台专属经济海域，请日方勿干扰“新海研1号”。

海巡署还说，“新海研1号”已于星期四上午完成上述海域作业，预计7月18日返回高雄港。“新海研1号”由台湾大学海洋研究所船务室所管理及营运。

据日本共同社此前报道，日本海警通报，星期三早上发现疑似是台湾海洋调查船的船只，在尖阁诸岛（中国大陆称钓鱼岛）大正岛（中国大陆称赤尾屿）周边的日本专属经济区内活动。发现台湾船只将似乎是线缆的物体放入海中后，认为该船在施行未经同意的海洋调查活动，因此通过无线电要求台湾调查船停止活动。

据日本共同社此前报道，日本海警通报，星期三早上发现疑似是台湾海洋调查船的船只，在尖阁诸岛（中国大陆称钓鱼岛）大正岛（中国大陆称赤尾屿）周边的日本专属经济区内活动。发现台湾船只将似乎是线缆的物体放入海中后，认为该船在施行未经同意的海洋调查活动，因此通过无线电要求台湾调查船停止活动。 另一方面，中国大陆海警星期五（7月14日）通过官方微博“中国海警”发布消息称，日本“瑞宝丸”号渔船星期三非法进入大陆赤尾屿领海，海警舰艇依法对其采取必要管控措施并警告驱离。 中国大陆海警称，钓鱼岛及其附属岛屿是中国固有领土，敦促日方立即停止在该海域一切违法活动，确保不再发生类似事件。