针对马英九办公室此前批评该会公然违宪，倡议“两国论”，台湾大陆委员会发文回应称，两岸互不隶属是台海客观现状，符合宪法，更驳斥中国大陆意图吞并台湾的立场。

台湾陆委会星期一（4月3日）发布新闻稿称，“中华民国”是主权“国家”，台湾从来就不是中华人民共和国的一部分。“中华民国与中华人民共和国互不隶属”，长期以来就是台海客观现状与事实，符合“中华民国”宪法，更是驳斥大陆图谋并吞台湾“国家主权领土”的严正立场，也是台湾全体人民的共同坚持。

台陆委会说，中华人民共和国“宪法”妄称“台湾是中华人民共和国的神圣领土的一部分”，近期台湾八成以上民意均表达反对，台湾前总统马英九以此宣称两岸均坚持“一个中国原则”，悖离事实与台湾民意，各界自有公评。陆方的“一中原则”不仅矮化台湾，更意图侵犯台湾，在全民反对及国际声援下，前总统马英九更不应呼应并落入大陆的统战陷阱。

台陆委会也说，台湾政府两岸政策立场一贯，依据“中华民国”宪法、两岸人民关系条例处理两岸事务，致力维护台海和平稳定；蔡英文上任以来，坚定“四个坚持”、强化“四大韧性”，捍卫“国家主权”及民主自由。前总统马英九总统办公室所谓“违宪”及否定“中华民国”存在的指控，完全是颠倒是非。卸任“国家”元首赴陆言行动见观瞻，应坚定维护台湾最大利益及社会共同期待。

马英九办公室指出，陆委会新闻稿强调，“中华民国与中华人民共和国互不隶属”，是公开倡议“两国论”，严重违反“中华民国”宪法，也违反蔡英文上任时提出遵守宪法与两岸条例的承诺。

马英九星期天（2日）在与湖南大学师生座谈时说，“台湾和中国大陆都是中华民国”，但同属一个中国。这是台湾卸任领导人首次在大陆完整阐述《中华民国宪法》的领土范围并示范“一中各表”。

台湾陆委会则批评马英九唱和呼应大陆的一中原则主张，与台湾民众认知背道而驰。陆委会说，中国大陆宪法强调“台湾是中华人民共和国的神圣领土的一部分”，马英九将台湾的宪法与之相提并论，并诠释为两岸均坚持一个中国原则，不仅矮化台湾，更严重悖离台湾从未属于中华人民共和国的事实。