金门翻船事件的善后协商星期二（7月30日）暂告一段落，中国大陆国务院台湾事务办公室隔天重申此案为“恶性撞船事件”，并强调善后沟通与两岸协商谈判无关。台湾政府的大陆委员会星期四（8月1日）则指，外界许多定性、定调都“不必要”。

一艘大陆快艇2月14日驶入金门海域，被台湾海巡船追缉时翻覆，导致两人死亡。案件发生166天后，两岸代表终在星期二达成共识，台湾发还两具罹难者遗体及查扣的渔船，并给予死者家属抚慰金。台湾海巡署长张忠龙也在公祭会场上对执法过程未录影搜证，以及家属所受煎熬致歉。

两岸达成事件善后共识后，台湾陆委会星期二下午发布新闻稿，以“单一、偶发的意外事件“定调这次案件。

大陆国台办则在当晚发布新闻稿，以“214撞船事件”称呼此案，而非之前所称的“恶性撞船事件”。新闻稿也强调，事件与两岸协商谈判无关，只有回到“九二共识”政治基础，两岸协商谈判才能恢复。

不过，台湾陆委会主委邱垂正星期二强调，这起事件是在“两岸既有管道的持续沟通下，务实推动相关问题的妥善解决”。

一天后，大陆国台办星期三（7月31日）晚间以发言人陈斌华名义发布新闻稿，再指此案为“恶性撞船事件”。

陈斌华并重申，这起事件的基本事实，是台湾海巡署人员用“粗暴危险”方式对待大陆渔民，造成人员伤亡，大陆有关方面高度关切。

陈斌华进一步指出，受遇难者家属委托，晋江市红十字会与台湾有关方面联系沟通，使善后相关事宜得以解决。

他再次强调，此事沟通与两岸协商谈判无关，敦促台湾有关方面尽快查明真相，做出公正的调查结论，对涉事人员做出相应处理。

这也显示，中国大陆对这起事件的立场，未因双方达成善后共识而改变。

对于大陆国台办再提“恶性撞船”的定性，梁文杰星期四在台湾陆委会例行记者会上应询时重申，这次协商是“当事人与当事人之间”，就慰问金、遗体与船只归还问题达成共识。“至于外界很多的定位、定性，其实在我看来，都是不必要的。”

另外，就在金门翻船案协商结束隔天，一艘大陆籍渔船“闽惠渔1486”星期三上午越界到澎湖七美海域捕鱼，遭台湾海巡以水炮驱离后，却擦撞正在进行收网作业的台籍渔船“胜荣财36号”。

台湾海巡署获报前往要求双方停船受检，但“闽”船拒绝停船并加速逃逸，最终在台海中线以西10海里处，被大陆海警拦截。

对此，梁文杰说，现在大陆处于休渔期，船只不准出海作业，但为了讨生活，很多大陆船只会越界到台湾海域。这些船只实际上也违反大陆的法律，只能希望大陆加强执法，当然台湾也会进行执法。