针对北京“惩治台独”，台湾赖清德亲自回应“民主不是犯罪、专制才是罪恶”，强调中国大陆无权制裁台湾人民。他也宣布，将对在野党主导并三读通过的立法院改革修法提起宪法诉讼，声请释宪。

受访学者解读，赖清德对大陆展现强硬不屈的姿态，对在野党也打算对抗到底，希望通过斗争来累积民气，以突破“双不过半”的执政困境。

中国大陆司法和国安机关上星期五（6月21日）颁布惩治台独的司法解释文件，强调对台独分子最重可判处死刑，还可“缺席审判”，且终身追责。

赖清德星期一（6月24日）在总统府敞厅发表谈话，针对媒体提问北京惩治台独会否增加海外台商的人身安全风险，表示“民主不是犯罪，专制才是罪恶”，并强调“中国（大陆）没有任何权利可以制裁台湾人民”，也无权跨域追溯台湾人民。

赖清德称，根据中国大陆的意见，不赞成统一就是台独，因此无论“台湾派、中华民国派、中华民国台湾派、在中国（大陆）眼中统统都是台独，台湾政党只有‘统一促进党’不是台独”。他也呼吁中国大陆正视“中华民国”的存在，和台湾民选政府交流对话，以增进两岸人民福祉，否则两岸关系只会越来越疏远。

另外，台湾最高民意机构立法院5月底三读通过在野蓝白两党主导的《立法院职权行使法》和《刑法》修正案，要求总统到立法院进行国情报告、通过藐视立法院将被罚、强化人事同意权，并赋予立法院调查权和听证权，并在6月21日否决了行政院提出的立法院改革法案复议案。

随着行政院和民进党立法院党团表示将提出释宪与声请暂时处分，赖清德透露他已依宪法规定签署，并在星期一公布法案。但他指出，立法院修法在审议程序引起社会高度疑虑，也对宪法的权力分立和制衡原则造成危害风险。因此他将向宪法法庭提起宪法诉讼，声请释宪。

赖清德强调，他不反对立法院改革，但反对立法院扩权，并表示会等到释宪结果出炉后，才决定是否到立法院报告。

对于赖清德的发言，在野的国民党主席朱立伦狠批，民进党因党意和党利而反对过去支持的改革法案，并抹黑、抹红和造谣攻击在野党。资深媒体人赵少康则指赖清德违背到立法院做国情报告的竞选承诺，高调向在野党宣战，独裁总统的心态昭然若揭。

台湾大学政治系教授张登及接受《联合早报》采访时点评，赖清德在就职演说的“两国论”主张框架上展现强硬不屈的姿态，加码谈民主对抗威权，意指威权政体没有民意基础，没有任何要求民主政体做任何事的正当性，“这种逻辑如果推到底，两岸根本就不用有任何沟通”。他认为在赖清德任内，两岸官方互动基本无望。

张登及说，赖清德在总统选战获四成得票，立法院三党席次不过半，领导“双不过半”弱势政府却决定与在野党对抗到底，目的是借此拉高政治气势。一方面通过释宪程序和群众运动“里应外合”，另一方面操作朝野尖锐对立、分化蓝白，以积蓄可用的民气，从而努力从白营（民众党）拉回年轻票，并把蓝营（国民党）打成中共同路人。

他评估赖清德不会期待与大陆进行有意义的对话，反而会希望美国年底选出的新政府更热衷利用台湾对抗大陆，让民进党在民主阵营和美国加持下，一路拉高政治能量，强渡关山到2028年连任执政。