金厦水域翻船案导致两岸关系恶化，台湾海委会重申，海巡人员执法于法有据，但坦言在通报和影像搜证工作方面仍有疏忽，为避免类似案件再发生，将配置密录器建置船艇录影设备。

综合台湾华视新闻网和自由时报报道，台湾立法院内政委员会下星期一（3月4日）将邀请海委会主委管碧玲、陆委会主委邱太三、国防部及海军司令部就“金门撞船案：翻船执法过程及后续处理”进行报告、并备质询。

台湾海委会在书面报告中称，依据《台湾地区与大陆地区人民关系条例》规定，大陆船舶未经许可不得进入禁止、限制水域。本案中，中国大陆快艇除有越界、拒检事实，且属于三无船舶，双方对于该类船舶均会加强取缔，因此台湾海巡署取缔于法有据。

但海委会称，因海巡署多功能艇未配置全船监视系统，执法过程中因高速追逐状况，船身受海浪影响剧烈晃动，海巡人员须高度专注维持平衡，负责搜证海巡人员未能取手持式摄影机完成搜证程序，搜证未臻完备。

海委会称，为了避免类似案件再次发生，将专案筹补密录器及建置全时360度监视录影设备于多功能艇，确保搜证作业完备。

另外，台湾海委会已责成海巡署“成立策进小组”，优化执勤装备及勤务管理，并确实虚心整体检讨，“本案人员严正执法，惟在通报及搜证工作仍有疏忽，造成案件发生后无法对社会与家属有效厘清案情，需确实检讨精进”。

一艘大陆快艇2月14日进入金门海域，被台湾海巡艇追缉后翻覆，酿成两名大陆渔民身亡，两岸代表针对善后安排进行了11轮闭门会议仍无结果。

台湾海巡署多次改变案发经过的说辞，引起舆论多质疑政府隐匿两船“碰撞”真相，海巡署违反海域执法作业规范未曾录影等。