对于台湾农业部长陈吉仲为进口蛋争议请辞一事，蔡英文表示尊重，并要求行政团队向社会厘清疑虑。

据台湾《上报》报道，台总统府发言人林聿禅星期二（9月19日）说，总统府尊重行政院长陈建仁及农业部长陈吉仲的决定。

林聿禅说，蔡英文感念陈吉仲为台湾农业及农民长期以来的用心及辛劳，在其从副主委、主委、乃至改制农业部的部长任内所推动、完成的多项重要任务，为台湾农业及农民解决了许多长期的结构问题。

林聿禅说，为因应今年禽流感及国际原物料价格动荡，所造成的鸡蛋产量供需失衡，行政部门启动进口鸡蛋专案，后续也达到稳定供给、稳定物价、稳定蛋农生计等政策效益，但执行层面仍有不尽周延、可精进之处。因此，蔡英文要求行政团队落实检讨精进，并备妥完整资料，向社会大众及立法院进行完整说明，以化解各界疑虑，让民众安心。

台湾年初爆发缺蛋危机，农委会启动专案进口纾解蛋荒。事隔半年，却在8月底被曝光资本额仅50万元（新台币，下同，约2万1300新元）的小公司，可以承接上亿元订单，以及获得政府巨额补贴等等。面对争议，陈吉仲星期二晚第二次向行政院长陈建仁请辞获准，将从星期四起生效。