在进口蛋争议越演越烈之际，台湾农业部长陈吉仲在社交媒体脸书宣布，他决定请辞农业部长一职。

陈吉仲星期二（9月19日）晚上在脸书发了一篇超过2000字的长文。他表示，感谢蔡英文一路相挺、感谢历任行政院院长的全力支持，自己才能义无反顾地推动牵挂于心上数十年的农业改革。

陈吉仲说，虽然还有未竟之志，但是近日对于专案进口鸡蛋的执行过程，遭到外界不实的抹黑、造谣、指控，而造成社会大众不应有的恐慌，农业部同仁遭受不应该背负的指责。因此，他要一肩扛起责任，让纷纷扰扰平息，于是决定请辞农业部长一职。

根据《联合报》，陈吉仲早前一度传出请辞获准的消息，但台湾行政院随即澄清，指陈吉仲仅口头向行政院长陈建仁表示愿意负责，但陈建仁并未点头。

陈吉仲星期二上午与立法院民进党团总召柯建铭及干部见面，会后他鞠躬道歉，并表示自己绝对不会恋栈。

随后，陈吉仲在星期二下午举行临时记者会，亲自说明进口蛋争议，同时他再度鞠躬道歉。

台湾年初爆发缺蛋危机，台湾农委会启动专案进口纾解蛋荒。事隔半年，却在8月底被踢爆资本额仅50万元（新台币，下同，约9万3000新元）的小公司，可以承接上亿元订单，以及获得政府巨额补贴等等。此事在台湾社会炸开了锅，并引发外界质疑政商勾结。