为强化后备战力，台湾国防部拟在战争时将台湾高速铁路股份有限公司配合军事运输纳入管制，负责高速铁路运输输具整备作业。但台湾立法院称，高铁的征用需要立专法，因企业为了生存有所须采行的措施，动员体制不宜过于干涉。

据台湾《联合报》报道，台湾立法院法制局完成的《高铁纳入军事运输管制之法制问题浅析》研究报告认为，高铁优势是载客量高、速度快、舒适方便及准点率高；缺点是造价成本和技术规范高、建造标准严格且管理维护复杂。

研究报告认为，高铁作为军事运输的另一缺点是只能运送兵员与个装，虽然单兵个装，甚至是步枪、火箭筒、迫炮等等，都可以分拆由高铁运送，但是战甲车、火炮等却必须“上铁皮”，这是高铁无法胜任的。

报告指出，由于台澎防卫作战预警时间短，高铁运行的高架路轨、供电网及通讯等基础设施，在战时遭受敌军炮火攻击破坏下，要抢修并恢复运行的难度极高。

报告还指出，台湾高铁已是上市公司，在全球化浪潮下，企业面对日愈激烈的竞争环境，经营者为了生存，有其所必须采行的措施，动员体制不宜过于干涉；若因过度介入损及业者经营绩效，导致企业倒闭，丧失物力动员供应来源，结果将得不偿失。为确保企业在物力动员体制中，能有效发挥供应方的功能，物力动员机制也必须掌握脉动与时俱进，以确保支援作战的功能。

立法院在报告中建议，高铁的征用应通过立专法来落实。动员准备在民力运用上，着重在财物统筹分配，实际执行人民财物的征购、征用作业，目的是为因应战事发生。因此，执行机关执行动员准备事项，对人民基本权的限制及干预程度远低于动员实施阶段对人民财物强制性征购、征用的限制及侵害性来的小。

报告也指出，主管机关为因应战时或紧急事变的需要，得签发高铁征用命令，应参酌前揭立法体例，由法律直接定立，以落实政策法制化，并使相关机关协力合作完成政策目标。