2011年12月，王三运转任甘肃省委书记，成为名副其实的地方“一把手”，但他并不满意。多位安徽政界人士称，王三运一直期待接班张宝顺任安徽省委书记，不料未能如愿，赴任甘肃前相当长一段时间都情绪低落。

从相对富庶的江淮大地来到偏远贫穷的大西北，王三运的强势更为明显。“他看不起甘肃人，觉得甘肃经济落后。经常训斥常委，和多位同僚关系紧张。”一位了解他的人士说。

在甘肃政坛，王三运与省委组织部原部长不对付几乎众所周知。组织部长比较爱惜羽毛，在组织人事方面一直很谨慎。王三运手下爱将虞海燕担任副省长和兰州市委书记期间，调了一批酒钢的干部到一些重要部门任职，组织部长认为不符合组织程序，王三运表示，虞海燕推荐的干部是可靠的，就这么定了。“可能在王三运中意的人上，组织部长没有配合，结果王三运大会小会批评组织部的工作。”

在当地官场人士看来，王三运有典型的两面性。一方面，他工作勤勉，下乡访贫问苦，从早忙到晚，没有时间概念，跟他的人很辛苦，有时为了整理材料，连饭都顾不上吃；但另一方面，王三运被认为属于说大话不干实事的领导。

“我听过王三运讲话，神采飞扬，激情澎湃，特别喜欢用排比句，听得人热血沸腾，有煽动性，但全是空话。”一位甘肃媒体人说，甘肃贫困人口多，2012年开始，王三运命令全省40万干部下乡搞“双联”（单位联系贫困村、干部联系贫困户）蹲点扶贫，这是王三运在甘肃抓得最多的工作，但大多流于形式主义。一位副总理到甘肃考察，去东乡族自治县看精准扶贫，甘肃方面弄虚作假，提前挑选出被见人选，王三运亲自辅导，没想到还是被副总理发现，弄巧成拙。

除了扶贫，被认为最典型体现王三运说大话不干实事的，是他提出的三大示范区，即在甘肃建设华夏文明示范区、河西走廊生态文明示范区，以及以兰州新区为核心的商务示范区。这三大示范区，除兰州新区是在前任省委书记任内立项，其他两个都是王三运提出的。

甘肃当地人士说：“王三运聪明，脑子活，点子多，但他在甘肃五年半，这三大示范区很多停留在纸面上。”相对于公认的中华文明主要发祥地如陕西、河南等地，在甘肃建设华夏文明示范区，无论是文化传承还是经济实力都无优势；兰州新区白天看上去新楼林立，到夜晚却是空荡荡、黑洞洞一片；至于河西走廊生态文明示范区，就是个笑话——在王三运任职期间，祁连山生态破坏问题始终不予问责。

对于王三运热衷的形式主义，中央纪委电视专题片《巡视利剑》中也有集中批判。专题片称王三运“对党中央重大决策部署消极应付、严重失职失责”，“自身有贪腐问题，在工作中必然不敢去动真碰硬，导致中央一些重大决策部署在甘肃得不到落实，造成严重后果”。

《巡视利剑》也关注到王三运在祁连山生态保护问题上的说一套做一套。祁连山国家级自然保护区是中国西部重要的生态屏障，它涵养的水源是甘肃、内蒙古、青海部分地区500多万百姓赖以生存的生命线，但多年来违规开发活动触目惊心。到2017年2月，保护区内有144宗探采矿项目，建有42座水电站，其中不少违规审批、未批先建，导致局部生态环境遭到严重破坏。中共中央总书记中领导人2014年到2016年对祁连山生态保护问题多次作出重要批示，然而甘肃省并没有真正落实。2016年底中央巡视组进驻甘肃开展巡视“回头看”，发现王三运作为省委书记，对祁连山环境问题不重视、不作为，对祁连山的生态环境破坏负有重大责任，“王三运表面上摆了姿态走了形式，但其实并没有真正到问题严重的地区去调查研究，也没有认真督促相关部门抓好整改落实，更没有对相关领导干部进行严肃问责”。

“形式表面的东西，反正该做的批示我也批了，该开的会我开了，至于下面落实不落实，能不能很好落实，也没有加强对各方面的引导和督促。”王三运在专题片里出镜时如是说。

调查发现，监管严重缺失是生态环境持续恶化的重要原因。监管缺失的原因不仅是责任落实不到位，还涉及利益输送，不少层级的官员和企业之间有千丝万缕的利益关联，王三运也牵涉其中，导致对中央决策阳奉阴违。

2017年7月，中央办公厅、国务院办公厅就祁连山保护区生态环境问题发出通报，对相关责任单位和责任人进行严肃问责。