新冠病毒传播初期已高度适应人类

疫情暴发至今，新型冠状病毒（SARS-CoV-2）在人类中表现出极强的传播能力。近日，通过将SARS-CoV-2和2003年暴发的SARS-CoV（严重急性呼吸综合征冠状病毒）之间的进化动态进行比较，科研人员惊讶地发现，SARS-CoV-2在人类中传播初期就具有高度适应性，其程度类似于当年SARS-CoV流行的晚期。

当地时间5月2日，生物科学预印本平台bioRxiv在线发表了题为“SARS-CoV-2 is well adapted for humans. What does this mean for re-emergence?”的研究论文，研究团队来自加拿大英属哥伦比亚大学、美国麻省理工学院-哈佛大学博德研究所（Broad Institute）斯坦利精神病学研究中心、加拿大医疗企业Fusion Genomics等，通讯作者为英属哥伦比亚大学生物多样性研究中心的Shing Hei Zhan与博德研究所的Alina Chan。

研究结果表明，2019年末首次检测到SARS-CoV-2时，它已经对人类具有高度的适应性，其程度类似于流行晚期的SARS-CoV。同时，研究人员尚未检测到人类适应性较差的类SARS-CoV-2病毒的进化前体或进化分支。

这意味着，新冠病毒在传播之初就具有极强的人类适应性和传染性。因此，研究人员强调，其二次暴发的可能性较大，应引起国际社会更大的关注，以明确其来源并防止二次暴发。

作者们警告，如果具有相似的人类传播性和适应性，那么任何现有的SARS-CoV-2祖病毒库都是特别危险的。

作者们还强调，新冠病毒的S蛋白（刺突糖蛋白）有可能在蝙蝠或多种中间宿主中自然进化出其广泛的物种向性（species tropism），即它可能与多物种的受体结合。

对此，研究人员提出建议，应扩大采样范围，从市场、农场和野生动物中收集SARS-CoV-2样病毒。此外，应该检查2019年底前几个月的人类样本中SARS-CoV-2样病毒或SARS-CoV-2反应抗体，以检测病毒在人类社会中流行的前体。

新冠病毒高度适应于人类，需高度警惕二次暴发

对于新冠病毒而言，研发特定的抗病毒药物、抗体或疫苗所用的时间长短取决于病毒基因或蛋白质的进化速度和传播程度。

日前，包括钟南山院士在内的多个专家团队已经指出，新冠病毒在传播过程中发生了广泛的变异，现在已经非常适应在人体内生存。之前的一些医学报告指出，SARS-CoV-2基因组似乎稳定下来，其在人体的适应压力不大，这对诊断、疫苗和治疗学的发展都是好兆头。

为了更好地了解SARS-CoV-2基因组的稳定性，研究人员对SARS-CoV-2和SARS-CoV之间的进化动力学进行了并行比较。

研究人员收集了11个SARS-CoV流行早期至中期的基因组，32个SARS-CoV流行晚期的基因组以及46个SARS-CoV-2基因组。

令人惊讶的是，与SARS-CoV相比，SARS-CoV-2表现出较低的遗传多样性，而SARS-CoV在其流行的早期到中期具有相当大的遗传多样性。相比之下，SARS-CoV-2的遗传多样性与晚期流行SARS-CoV的遗传多样性更为相似。

SARS-CoV和SARS-CoV-2遗传差异的比较，在同样的时间范围内，SARS-CoV-2（红色）的遗传多样性比早期到中期SARS-CoV（蓝色）的少

此前对SARS-CoV的研究表明，在早期和中期传播阶段，SARS-CoV受到的选择压力（又称为进化压力，指外界施与一个生物进化过程的压力）最大，并在流行晚期时选择压力减弱。在从蝙蝠、果子狸传播到人类以及接下来的人际传播的过程中，一系列适应活动使病毒具有高度传染性，这一高传染性主导了其晚期流行阶段。

非同义和同义替代率（dN和dS）通常用于模拟病毒S蛋白（在病毒入侵人体时与宿主受体结合并影响宿主特异性）等基因经历的选择压力。研究人员在2020年1月、2月和3月每个月从不同的地理位置采样50个SARS-CoV-2基因组，他们发现对于病毒S蛋白、Orf3a和Orf1a基因而言，新冠病毒中的dN和dS与SARS-CoV晚期流行时的情况更相似。