新冠祖先单倍型样品来自美国华盛顿病患(2)

扩散病例至少来自3个途径

将58种单倍型分成了五组后分析显示，广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源。

在中国的54个样本中，重庆3个样本、广东18个样本、湖北22个样本、台湾2个样本、浙江4个样本，其他5个省份有1个样本。

武汉2019年12月24日至2020年1月5日的样本编码了13种单倍型，属于C类和B类。这些关系表明，新冠病毒在武汉的传播处于早期阶段。H1和H3是湖北以外地区单倍型的祖先。

从2020年1月10日至1月23日采集的18个广东样本，编码了15种单倍型，属于A、C、E组，表明有多个来源输入广东。三个单倍型(H14、H15、H17)可能在本地演化,表明新冠病毒最初蔓延到深圳时即发生了人际传播。来自台湾的两个样本编码H3和H24，分别属于B组和D组,重庆的三个样品编码H1、H40和H45，分别属于B组和C组，显示这两个省或地区输入了两种来源。C组4个浙江的4个样本编码H1、H24，属于C组，显示仅从H1单倍型来源输入。

中国境外总的样本编码了31种A-E组的单倍型。其中，2个来自泰国的样本是H1单倍型，分别来自澳大利亚和比利时的1个样本是H3单倍型，1个来自美国的样本是H19单倍型，1个来自新加坡的样本是H40单倍型。

来自亚洲5个国家的12个样本编码了10个单倍型，7个和武汉有关，3个和深圳有关。在日本东京，人际传播可能发生到H53单倍型患者到H52单倍型患者身上，患者此前从武汉撤回日本。

澳大利亚患者的5个样本分别编码B、C和D组的6个单倍型，均与武汉有关。病例（H3）、病例（H25、H26）、病例（H55,和H1有关）直接来自武汉，H25到H26发生了人际传播，来自昆士兰同一旅游团。H56患者与H27患者之间的联系不明确，因为H56患者于1月25日从武汉飞往悉尼，H27患者于1月15日从武汉飞往墨尔本。

一种可能是有一个中间传播者，他也传播了新冠病毒，并且传染给了法国、美国和中国台湾的其他病人。

8个欧洲样本编码了7个单倍型，来自四个国家的病人。比利时和德国的患者均有武汉旅行史。英国的患者没有报告与武汉有关，但有发现从H28到H29的家族性传播。法国的患者可能是通过三种不同的途径感染，即与武汉有关的H44、与重庆或新加坡有关的H43，以及与中间传播者有关的H30。

来自美国的13个样本中，有3个来自华盛顿的同一名患者，编码了相同的单倍型H38，另外3个样本编码了8个单倍型，覆盖了A-E 5组，因此输入性感染的来源很复杂。3个单倍型(H1、H19、H38)与武汉相关，3个(H19、H35、H42)与5个(H41、H58)可能与广东相关。其余的单倍型（H36、H37、H57)与非中国患者(H54，越南；H56，澳大利亚)有关，这两例患者来自武汉。

总体来看，广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国，他们的患者感染源至少有两个，尤其是美国包括了五个来源。

非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。其他国家患者因为样品比较少，大多数的来源比较单一，他们除了是武汉旅游输入或在武汉感染外，有一些人可能是在广东、新加坡等地被感染。

图2 58种新冠病毒单倍型的演化关系和地理分布(A, B)。基于进化分析和流行病学研究，作者们推断出单倍型演化路径(C)和可能的传播和传播路径(D)。

研究还发现，中国和其他国家之间单倍型样本的多样性存在显著差异。其他国家样本的单倍型多样性较高，可能是因为其采样日期大多在2020年1月22日之后，而中国的样本则在2020年1月22日之前。此外，作者推测，国际长途航班时的低水平辐射暴露可能加速了新冠病毒的突变率。

研究团队最后强调，使用传统方法对新冠病毒进行流行病学研究是非常困难的，因为一些有轻微症状或无症状的感染者在11月底和12月初可能被忽视。此外，被认为是新冠病毒发源地的华南海鲜市场，自2020年1月1日起已关闭。

他们提到，由于目前可获得的样本不包括12月初发现的第一例感染患者和其他更多患者，因此可能会漏掉最常见的祖先单倍型。如果有来自这些患者的冷冻样本，就可以进行系统流行病学研究的基因组测序，以帮助确定新冠病毒的起源地地。