2015年3月，他调任中国船舶重工集团公司董事、总经理、党组副书记，至此次落马。

中国船舶重工集团有限公司是由原中国船舶工业总公司部分企事业单位重组成立的特大型国有企业，是国家授权投资的机构和资产经营主体，主要从事海洋装备产业、动力与机电装备产业、战略新兴产业和生产性现代服务业的研发生产，2017年已连续7年入选世界500强企业，排名第233位，位居全球船舶企业首位。

中船重工作为我国海军装备科研生产的主体力量，承担着航母、核潜艇、常规潜艇、水面舰艇、水中兵器等海军武器装备科研、设计、生产、试验、保障任务。

在孙波落马前，中央巡视组曾对中国船舶重工集团公司党组开展了两次巡视，孙波两次都担任巡视整改领导小组副组长。

2015年2月，春节刚过完，中央第九巡视组就进驻中国船舶重工集团公司，开展为期两个月的专项巡视。

2015年6月，巡视组向中国船舶重工集团公司反馈专项巡视情况。巡视组指出，集团党组、纪检组履行“两个责任”有缺失。有的企业和院所的领导和重点岗位人员利用职务便利，在工程建设、物资采购、外协外包等方面为自己和亲友牟取私利。

此外，中国船舶重工还被指“少数领导人员顶风违反中央八项规定精神，个别领导人员违反党的组织纪律。选人用人程序不够规范，个别领导人员带病上岗，一些领导人员长期不交流。同时，巡视组还收到反映一些领导干部的问题线索，已按规定转中央纪委、中央组织部、国务院国资委等有关部门处理。”

2015年9月，中国船舶重工集团公司党组发布了巡视整改通报。据通报，集团成立了由集团董事长、党组书记胡问鸣任组长，党组副书记、总经理孙波和党组成员、纪检组长刘长虹为副组长，集团公司党组其他领导同志为成员的集团公司巡视整改工作领导小组，并由刘长虹兼任领导小组办公室主任。

通报还称，为解决集团公司党组成员兼任二级单位主要领导问题，党组决定，集团公司总经理、党组副书记孙波不再兼任大连船舶重工集团有限公司董事长职务。

但在一年多后，2016年11月，中国船舶重工集团公司纪检组组长刘长虹被查。也就是说，上述整改领导小组两名副组长都已落马。