中央纪委纪检监察室工作人员顾桧指出，“（王三运）近乎疯狂地敛财，在各地都置办了大量的房产，以收受房子或者购房款的形式获取了大量的非法利益。”

而中央巡视组对甘肃回头看，王三运担心问题被发现，让亲戚从贵州等地赶来，帮忙四处藏匿、转移财物，并和相关人统一口径，把老板们出的购房款对外说成是“借款”，还订立假合同进行伪装。

王三运说，“凭你的合法收入，你也买不起这个房子。所以就按照我事先跟他们说好的，用所谓借款的方式搞一个什么假合同，想规避组织审查。”

此前祁连山生态问题，与王三运也有着莫大关系。

据该片介绍，2016年底中央巡视组进驻甘肃开展巡视回头看，发现王三运作为省委书记，对祁连山环境问题不重视、不作为。“监管严重缺失，是生态环境持续恶化的重要原因。中央领导同志做出一系列重要批示后，王三运表面上摆了姿态走了形式，但其实并没有真正到问题严重的地区去调查研究，也没有认真督促相关部门抓好整改落实，更没有对相关领导干部进行严肃问责。”

对此，王三运表示，“形式表面的东西，反正该做的批示我也批了，该开的会我开了，至于下面落实不落实，能不能很好落实，也没有加强对各方面的引导和督促。”

而调查发现，监管缺失的原因不仅是责任落实不到位，还涉及利益输送，不少层级的官员和企业之间有千丝万缕的利益关联，王三运也牵涉其中，导致对中央决策阳奉阴违。

对此，王三运出镜说，“在廉洁问题上要真正把好关，要真正过得硬，有了这个过得硬开展其他工作才能够顺利开展，本来就感觉这方面不太清爽，让人家说起来你还说我们，查我们，你自己都不清爽。”

2017年7月，中央办公厅、国务院办公厅就祁连山保护区生态环境问题发出通报，对相关责任单位和责任人进行严肃问责。

在忏悔录中，王三运写道：“中央对我进行组织审查是完全正确的，自己落得如此下场绝非突然、而是必然，我心服口服、认错认罪。虽然我现在悔恨交加、痛不欲生，但也深知错已铸成、为时已晚。”